由于“潘多拉魔盒”事件，两个平行世界意外融合，产生了“新世界”。来自原世界的假面骑士创骑（桐生战兔）和来自另一个宇宙的骑士“克罗诺斯”发现，有一股神秘势力正在系统性地抹除人们对旧世界的记忆。每消失一段记忆，就会有一个区域的人变成“空白人”。战兔和克罗诺斯被迫合作，他们发现“记忆消灭者”竟是战兔失忆前的搭档——变身者佐藤。佐藤认为只有消除所有痛苦记忆，人类才能获得真正幸福。最终决战中，战兔没有打败佐藤，而是把自己的全部记忆分享给了佐藤，包括痛苦和快乐。佐藤在庞大记忆冲击下崩溃，而战兔失去了一切记忆，重新变回普通人。克罗诺斯最后说：“这次，换我守护你的世界。”
在新融合的平行世界里，两位来自不同宇宙的假面骑士必须联手对抗“记忆消灭者”。
假面骑士系列少有的哲学向作品，探讨记忆与存在的意义。战斗场面一如既往地燃，但文戏更值得品味。结尾战兔清零记忆的设定催泪又高级，克罗诺斯的反转为续作埋下漂亮伏笔。
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